OEM市场是在改革开放后市场经济条件下逐渐发展起来的，是在供需双方的强烈需求下迅速成长壮大的，在一派欣欣向荣的景象后面，也存在着许多问题。
1法规管理方面的问题。由于OEM产品的产销脱节(生产和销售分属两家不同的企业)，产品质量责任的归属有争议，长期以来国家并不鼓励其发展。但因市场潜力巨大，需求旺盛，发展迅速，政府也没有出台一些限制其发展的措施。2001年下半年，国家质量监督检验检疫总局在生产许可证的管理方面专门下发了“关于委托加工实施生产许可证管理的产品标识、标准有关问题的通知”。通知中规定：有证企业(委托方)委托另一同一种产品有证企业(被委托方)进行生产，委托方负责全部产品销售的，企业可选择以下两种标注方式：(1)产品或其包装上应当标注委托方的名称、地址和被委托方的名称和生产许可证标记、编号；(2)产品或其包装上应当标注委托方的名称、地址以及生产许可证标记、编号。无证企业(委托方)委托有所委托产品的生产许可证企业(被委托方)进行生产，委托方负责全部产品销售的，产品或其包装上应当标注委托方的名称、地址，以及被委托方名称和生产许可证标记、编号。任何企业不允许委托无证企业进行生产许可证制度管理产品的生产，一经发现，按无证产品查处。对采用以上标注方式的企业应持委托方和被委托方签署的有效合同及企业的生产许可证到所在省、自治区、直辖市质量技术监督局许可证办公室备案同意后方可标注。省、自治区、直辖市质量技术监督局许可证办公室应将备案情况报全国工业产品生产许可证办公室并及时跟踪和掌握企业变化情况。
在《化妆品产品生产许可证换(发)证实施细则》4.2.6规定：对采取委托加工方式生产的企业，只受理有化妆品生产能力企业的换(发)证的申请，无生产能力的企业不能申请生产许可证。
2地区差异的问题。各行政区域文化背景、经济环境、执法程度等不同，代工市场的特点不同。一般来说，广州的代工成本较低，产品以中、低档为主；上海的产品档次高一些，近几年上海政策较灵活，加工业发展很快，不仅吸引了不少国际投资商，有的外埠人还把工厂设在上海；天津近来的发展也引人注目，市场态势颇似广州；北京是个特殊的市场，管理严格，市场较规范，是个很有发展潜力的地区。地区之间的差异使OEM的发展很不平衡。
3OEM企业规模参差不齐，实力差别很大。工厂条件、设备、人员素质、管理水平等方面，不同的企业都不一样，有些企业取得了ISO9000标准的认证，实行GMP管理，非常严格。而有些企业设备简陋，人材匮乏，甚至没有科技人员，不能研制配方，靠从原料供货商处买配方生产，后续的技术支持能力根本谈不上。
4产品质量问题。据业内专家讲，在国内化妆品生产企业里，普遍存在着营销意识强而质量意识弱的问题，在OEM企业中尤其如此。
产品质量表现在两个方面：一是产品外观、香气等理化指标，另一种是产品的广告宣传与实际功效是否相符。前一种质量问题大部分OEM企业能够保证，也就是产品的理化指标、外观、香气等全部符合国家标准的规定，没有变质，发霉等现象。而后一种质量问题却并不鲜见，产品实际功效达不到广告宣传上宣称的水平，产品配方，工艺难以保证其活性成分发挥作用，甚至根本不加产品说明中宣称的活性成分。活性成分添加与否很难观察或感觉到，其功效的发挥是个漫长的、渐进的过程，而仪器检测费用较贵，一般的企业难以承受，某些OEM企业便趋机钻空子，以降低成本。据说在国外，代工费用大约每公斤一两百美元，质量有保证，活性物可检出并真正发挥作用，信誉较好，这是国内企业值得借鉴的地方。
5研究开发能力有限，产品同质化加剧。OEM企业面对着各种各样的客户，他们有着各种各样的需求，包括对内容物的需求和对包装的需求等等，所以，一般的OEM企业每个品种都有几十甚至上百个产品配方才能满足客户的需求，而企业研发能力的不足成了制约其发展的桎。繁重的研发任务和低档次的客户需求使研发人员难以创新和提高，更谈不上对基础研究的探索和应用，仅仅是在现有水平上对不同原料的配比的调换。这些企业将大同小异的产品配方应用给接二连三的客户，导致市场上产品同质化加剧。
6客户来源问题。委托加工的企业大部分来自流通领域中的代理商、经销商，以中小企业居多，这些企业虽有成功的市场运作经验和渠道，也不敢贸然投入太多，一般只作几百公斤甚至几十公斤的生意，许多企业在初试市场的锋芒后便消声匿迹了，以至许多的OEM企业因研发，设计投入太多而不能取得利润。